Если катер предполагается оставить на зимнее хранение на воде, то место его стоянки должно быть укрыто от ветра и находиться по возможности дальше от судового хода, чтобы волны от проходящих судов не оказывали воздействия на корпус катера.

Крупные катера поднимают на берег, используя стропы и устанавливают на кильблоки.

После того, как катер поднят на берег, необходимо внимательно осмотреть его подводную часть на предмет механических повреждений за прошедшую эксплуатацию, затем удалить с корпуса грязь, водоросли и песок, а внутреннюю часть корпуса протереть сухой ветошью или тряпкой.
Если катер перед зимним хранением не отмыть, за зиму грязь настолько сильно въестся в корпус катера, что весной ее удалить станет просто невозможно, а оставшаяся в корпусе вода замерзнув, может повредить корпус.

Перед постановкой катера на зимнее хранение в двигателе необходимо заменить масло. Считается, что влага, находящаяся в масле, провоцирует коррозию внутренних деталей двигателя. Хотя масло и мало гигроскопично, но все же впитывает влагу, которой на катере более чем предостаточно — везде в непосредственной близости находится вода, а на море она еще и соленая. По этой причине желательно мыть корпус двигателя пресной водой, чтобы удалить соль, которая во время зимнего хранения катера будет активно способствовать коррозии.

Если катер использовался в соленой воде, то необходимо промыть систему охлаждения двигателя, подключив к двигателю пресную воду, и дать поработать 10–15 минут на холостых оборотах.
Затем из двигателя слить воду — с коллекторов, рубашки двигателя, со шланга подачи воды (на масляный холодильник или на помпу забортной воды).

Одновременно необходимо заменять и фильтры — топливные и масляные.

Угловая колонка или редуктор — меняется масло (используется масло специально предназначенное для редукторов лодочных моторов). Если в редуктор попала вода — при замерзании воды редуктор может треснуть.
Аноды коррозионной защиты при толщине менее 30% подлежат замене.

Все аккумуляторы перед постановкой катера на зимнее хранение необходимо зарядить.

Если мотолодка хранится вверх килем, под нее нужно подложить деревянные бруски, а лучше приподнять ее на оборудованное стапельное место высотой около 0,5–1 м над землей.

Двигатель моторного судна на зимний период следует законсервировать в соответствии с заводской инструкцией. В противном случае при длительном бездействии в зимний период на некоторых деталях двигателя возможно появление коррозии или разрыв полостей при «размораживании» оставшейся водой.

Если по каким-либо причинам нет возможности провести консервацию двигателя и приходится оставлять его зимовать на судне, то рекомендуется выполнить следующее:

• корпус судна установить на кильблоках на ровном месте с некоторым дифферентом на корму, чтобы в нее стекли остатки воды, спустить воду из систем двигателя, холодильника и других судовых систем, чтобы предупредить размораживание;
• выпустить или откачать из корпуса всю воду, после чего насухо протереть стенки и потолок моторного отсека;
• при открытом помещении моторного отсека запустить двигатель и дать ему поработать на средних оборотах, пока из зарубашечных пространств не пойдет пар (обычно на это 2–3 мин), после чего перекрыть горючее, чтобы двигатель выработал его остатки из карбюратора и остановился сам;
• после остывания двигателя до состояния «теплый», протереть его сухой ветошью, укрыть чехлом и еще раз насухо протереть стенки и потолок моторного отсека от конденсата, предупредив образование в морозное время инея, способствующего возникновению коррозии;
• необходимо вывернуть свечи зажигания, залить по несколько см³ масла и стартером провернуть коленвал;
• закрыть приемный кингстон системы охлаждения, поставить заглушку в выхлопную трубу и в отвод водяной системы, перекрыв в сырую погоду доступ влаги в двигатель;
• плотно закрыть помещение моторного отсека, а входной люк или палубу накрыть чехлом.

Необходимо проследить, чтобы на зиму на катере не осталось сырых или промасленных тряпок. Сырые тряпки способствуют появлению коррозии, промасленные могут самовозгораться.

Весной после таяния снега ветер и солнце быстро уносят влагу с поверхности укрытого корпуса катера, внутри возможно образования конденсата. Поэтому лодку нужно раскрывать для просушки ветром только с торцов. Все укрытия можно снять с корпуса через одну-две недели.